Produktionsfunktionen på Sygehusapoteket er opdelt i 3 afdelinger: Support og Teknik, Cytostatikaproduktionen og Serviceproduktionen.
Ledelsen består af en produktionschef og tilhørende afdelingsledere og ledende fagpersoner.
Afdelingerne spiller en central rolle i arbejdet med patientsikker fremstilling af lægemidler. Herunder validering og monitorering af systemer og de fysiske rammer.